（5月19日投稿）
昨日より仙台市で特別定額給付金のオンライン申請が始まりましたが、このオンライン申請でトラブルが先行している自治体で多数発生しています。
特に、オンライン申請では、「同じ人が何度も申請可能」なシステム仕様となっているため、確認する自治体にしわ寄せが行っているということ、これについて解説された記事がありました。

理由は「10人以上世帯の申請」と「誤記入」を想定したため。
特別定額給付金のオンライン申請は、既存のマイナポータルの「ぴったりサービス」という、元々ある機能から申請します。
この「ぴったりサービス」に今回、特別定額給付金の申請メニューが追加されたわけです。
しかし、ぴったりサービスでは、世帯の人数の上限を10人に設定しているため、10人以上の場合は1回では申請しきれません。
そこで10人以上の世帯を想定して、同じ人が何度も申請できるようなシステム仕様になっているとのことでした。
また、間違えて記入した場合も想定しています。

マイナポータルと自治体の住民基本台帳システムは連携していませんので、データ内の情報と住民基本台帳情報との照合を、複数の職員で行う必要があり、手間がかかります。
何度も申請してしまったり、誤った情報を入力した結果、郵送申請よりも給付が遅くなる…そんな懸念があるのがオンライン申請のようです。

（5月22日追記あり）
現在、オンライン申請をめぐっては、給付を希望する家族の名前や、振込先の口座情報などを誤って入力する人が相次ぎ、自治体の確認作業に時間がかかり振り込みが遅れる状況となっています。
このため総務省は、申請内容のうち名前などに多少のミスがあっても、給付を希望する人数が住民票の世帯人数と同じことが確認できれば、速やかに振り込むよう各自治体に要請しているとのことです。
もう、滅茶苦茶な感じですね。